Awal sejarah berdirinya Gereja Katedral Bogor tidak bisa kita lepaskan dari peranan dua tokoh perintis umat kota Bogor, yaitu Mgr. AC. Claessens, Pr dan Pastor MYD Claessens, Pr.
Pada tahun 1881 Mgr. AC. Claessens membeli sebuah rumah dengan pekarangan yang cukup luas (sekarang meliputi kompleks Gereja, Pastoran, Seminari, Sekolah, dan Bruderan Budi Mulia). Semula tempat itu digunakan sebagai tempat peristirahatan dan Misa Kudus para tamu dari Jakarta. Namun, dengan dimilikinya rumah tersebut, juga menjadi awal umat Katolik memisahkan diri dari penggunaan Gereja Simultan/ekumene sebelumnya. Pada tahun itu pula pastor MYD. Claessen mulai menetap di Bogor.
Pada tahun 1886 MYD. Claessen memulai karya pastoralnya untuk mendirikan Panti Asuhan untuk anak-anak. Saat itu bangunan rumah Panti Asuhan tersebut baru bisa menampung 6 orang anak. Usaha pastoral itu kemudian di kembangkan hingga menjadiYayasan Vincentius pada tahun 1887, sehingga pada tahun 1888 mendapat pengakuan dari Pemerintah Hindia-Belanda.
Pada tahun 1889 Pemerintah Hindia Belanda secara resmi mengakui dan menyatakan bahwa Bogor menjadi Stasi misi tetap Batavia. Tahun 1896 (setahun setelah Mgr. AC. Claessen meninggal), MYD. Claessens mulai membangun sebuah gedung Gereja yang megah di atas tanah yang didiaminya. Gereja itu yang hingga sekarang kita kenal dengan Gereja Katedral.
Pada tahun 1907 Pastor MYD. Claessens kembali ke Belanda setelah selama 30 tahun beliau berkarya di Bogor Jawa Barat, 27 tahun kemudian, tepatnya tahun 1934, beliau meninggal dalam usia 82 tahun. Semenjak kepergian Pastor Claessens, Stasi misi tetap Bogor ditangani oleh Pastor Antonius Petrus Fransiskus van Velsen, SJ. Tetapi pada tahun 1924 Pastor Antonius Van Velsen diangkat menjadi Vikaris Apostolik Batavia, sehingga Bogor yang saat itu sudah menjadi Paroki diserahkan kepada Pastor OFM Conventual.
Pada bulan November tahun 1957 Paroki Bogor dipisahkan dengan Vikariat Apostolik Batavia dan digabungkan dengan Prefektur Apostolik Sukabumi.
Pada tahun 1961 Prefektur Apostolik Sukabumi ditingkatkan statusnya menjadi Keuskupan dengan nama Keuskupan Bogor. Gereja Paroki Bogorlah yang dijadikan sebagai Gereja Katedral Keuskupan Bogor. Dengan demikian, Paroki Bogor namanya berubah menjadi Paroki Katedral Bogor.